Βρισκόμαστε στο 2018. Η ανθρωπότητα έχει εξαντλήσει τους φυσικούς πόρους της Γης και έχει στραφεί πλέον προς την θάλασσα. Εκατοντάδες αποικίες έχουν φτιαχτεί στον βυθό των ωκεανών ενώ οι αψιμαχίες μεταξύ των χωρών καθώς και διάφορων συνομοσπονδιών είτε πολιτικών είτε εμπορικών βρίσκονται καθημερινά στο προσκήνιο. Το SeaQuest είναι ένα υπερσύγχρονο υποβρύχιο που δρα υπό τον έλεγχο του UEO, κάτι σαν τον Οργανισμό των Ηνωμένων Εθνών, μιας συμμαχίας όλων των μελών-κρατών. Αποστολή του να διασφαλίσει την ειρήνη, να προστατέψει τα μέλη από εξωτερικούς κινδύνους καθώς και να εξερευνήσει τον βυθό. Η ειρήνη όμως για να διασφαλιστεί θα πρέπει άλλοτε να επιβληθεί με την δύναμη των όπλων και άλλοτε να δημιουργηθεί με την διπλωματία και την κατανόηση. Αυτό είναι ένα από τα διλήμματα που απασχολούν τον κυβερνήτη του SeaQuest, Nathan Bridger.