Σε έναν κόσμο όπου η σκέψη και η πίστη ελέγχονται, ένας άνθρωπος παλεύει να θέσει τη γνώση δωρεάν. Η Μυστική Ιστορία της δελεαστική ζωής του Leonardo da Vinci αποκαλύπτει ένα πορτρέτο ενός νεαρού άνδρα που βασανίζεται από την υπεράνθρωπη ιδιοφυΐα του. Έχει σκοπό αιρετικό και εκθέτει τα ψέματα της θρησκείας. Επαναστατικές εξεγέρσεις επιδιώκουν να ανατρέψουν μια ελίτ κοινωνία. Ένας νόθος γιος που λαχταρά για την αποδοχή απο τον πατέρα του. Η σύγκρουση ανάμεσα στην αλήθεια και το ψέμα, τη θρησκεία και τον λόγο, το παρελθόν και το μέλλον. Οι φιλοδοξίες του χρησιμοποιούνται εναντίον του από τις αντίθετες δυνάμεις του χρόνου-να τον δελεάσουν σε ένα παιχνίδι της αποπλάνησης, όπου όσοι περιφρονούν τη διάνοια του, τον χρειάζεται περισσότερο.Ο Leonardo πρέπει να αναλάβει τον αγώνα ενάντια στους εχθρούς οι οποίοι χρησιμοποιούν την ιστορία για να καταστείλουν την αλήθεια. Ένας ήρωας οπλισμένος μόνο με την ιδιοφυΐα, da Vinci στέκεται μόνος μέσα στο σκοτάδι.