Bρισκόμαστε στο έτος 2045. Μία τεράστια οικονομική καταστροφή γνωστή ως “Simultaneous Global Default” έχει πλήξει τον κόσμο σε παγκόσμιο επίπεδο, καταστρέφοντας την αξία όλων των χαρτονομισμάτων, όπως αντίστοιχα και του ψηφιακού νομίσματος. Για να μην «σκουριάσουν» τα γρανάζια της οικονομίας, τα 4 Μεγάλα Έθνη του κόσμου ξεκινούν έναν ατελείωτο πόλεμο. Έτσι, η αγαπημένη μας πρωταγωνίστρια, Mokoto Kusanagi, ο πιστός της σύμμαχος, Batou, καθώς και τα υπόλοιπα μέλη του Public Security Section 9 αποφασίζουν να χρησιμοποιήσουν τις μαχητικές τους ικανότητές μαζί με τις cybernetic βελτιώσεις τους και να εργαστούν ως μισθοφόροι κάτω από την ονομασία GHOST. Sequel των Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, Ghost  in the Shell: Stand Alone Complex 2^nd GIG και της ταινίας του 2006 Ghost in the Shell: Stand Alone Complex: Solid State Society.