Σύμφωνα με τον θρύλο, οι άνθρωποι στις αρχαίες εποχές είχαν φτιάξει ολόκληρες πόλεις που πετούσαν στον αέρα. Λόγω, όμως, μιας άγνωστης καταστροφής οι πόλεις αυτές καταστράφηκαν όλες και οι άνθρωποι αναγκάστηκαν να ξαναζήσουν στο έδαφος όπως πριν. Μία μόνο πόλη, όπως λέει ο θρύλος, έμεινε απείραχτη: η Laputa, που εξακολουθεί να ίπταται κρυμμένη μέσα στα σύννεφα μιας τρομακτικής καταιγίδας. Το φυλαχτό της Sheeta είναι φτιαγμένο από το ίδιο υλικό που κρατά την Laputa στον αέρα, γι'αυτό το κορίτσι γίνεται στόχος πειρατών αλλά και στρατιωτικών. Μοναδική της βοήθεια είναι ο Pazu, ένας νεαρός ανθρακωρύχος που την βρήκε και την βοήθησε μετά από την πρώτη προσπάθεια των πειρατών να κλέψουν το φυλαχτό της.