Ο Mewtwo είναι ένα πόκεμον που διαφέρει από τα υπόλοιπα. Στην πραγματικότητα είναι ο κλώνος του Mew όμως με την ίδια πανίσχυρη και ακατανίκητη δύναμη. Αρχικά οι άνθρωποι τον χρησιμοποιούνε ως πειραματόζωο για το δικό τους συμφέρον λόγω της δύναμης του αλλά εκείνος επαναστατεί και καταστρέφει το εργαστήριο οπού βρισκόταν. Στην συνέχεια τον εντοπίζει ο Giovanni αρχηγός της Team Rocket και του προτείνει να γίνει ο αφέντης του. Έτσι ο Giovanni βάζει τον Mewtwo να αναπτύξει τις ικανότητες του όμως εκείνος δεν δέχεται να υπακούει τους ανθρώπους έτσι αποφασίζει να δημιουργήσει τα δικά του πόκεμον-κλώνους και να εντοπίσει καλούς εκπαιδευτές πόκεμον ωστέ κλωνοποιώντας τα ισχυρά πόκεμον τους να δημιουργήσει μια πανίσχυρη στρατιά πόκεμον-κλώνων. Ανάμεσα στους εκπαιδευτές πόκεμον που βρίσκονται στο επίκεντρο της προσοχής του είναι και ο Ash που συνεχίζει το ταξίδι του μαζί με τον Brock και την Misty. Ο Ash θα λάβει μια πρόσκληση που τον καλεί να πάει στο μέρος όπου βρίσκεται ο Mewtwo μαζί με άλλους εκπαιδευτές πόκεμον. Όταν οι τρεις τους θα βρεθούν σε ένα κέντρο υγείας πόκεμον με σκοπό να φτάσουν στον προορισμό τους μια δυνατή μπόρα θα ξεσπάσει που θα προσπαθήσει να τους εμποδίσει. Όμως ο Ash μαζί με άλλους εκπαιδευτές αψηφάει την μπόρα και καταφέρνει να φτάσει στο μέρος όπου βρίσκεται ο Mewtwo.