Αν δεν υπήρχαν οι καρχαρίες, ο ύφαλος θα ήταν ένας τροπικός υποθαλάσσιος παράδεισος. Ο Πι και η Κορντέλια, έχουν γίνει πλέον γονείς του Τζούνιορ. Ο εχθρός του Πι, ο καρχαρίας Τρόι, έχει βγει πάλι για κυνήγι με την παρέα του και περιμένουν να έρθει η παλίρροια για να επιτεθούν. Ο Πι αποφασίζει να εκπαιδεύσει την οικογένεια και τους φίλους του, για να είναι όλοι προετοιμασμένοι σε περίπτωση υποθαλάσσιας μάχης. Εν τω μεταξύ, ένα μυστηριώδες ψάρι, ο Ρόνι, αρχίζει να αποσπά την προσοχή των υπόλοιπων ψαριών του υφάλου, με καινούργιες ιδέες για το πώς να προστατευτούν. Ωστόσο, τα ψάρια του υφάλου δεν γνωρίζουν ότι ο Ρόνι είναι μυστικός κατάσκοπος του Τρόι. Τα πράγματα όμως γίνονται χειρότερα όταν ο Τρόι αιχμαλωτίζει την Κορντέλια! Τώρα ο Πι και ο γιος του, Τζούνιορ, έχουν πολλά να κάνουν για να σώσουν όχι μόνο την Κορντέλια, αλλά και ολόκληρο τον ύφαλο μαζί με τα άλλα ψάρια και τους φίλους τους!