Μια σκοτεινή και θυελλώδη νύχτα, ένας μυστηριώδης και βίαιος ναυτικός επισκέπτεται το παραθαλάσσιο πανδοχείο “Ναύαρχος Μπένμποου”, που διευθύνει ο μικρός Τζιμ Χόκινς με τη μητέρα του. Αποδεικνύεται ότι πρόκειται για τον Billy Bone, έναν ανατριχιαστικό πειρατή, στο μπαούλο του οποίου υπάρχει ο χάρτης με τον θησαυρό του κάπτεν Φλιντ. Παράξενα πειρατικά αποβράσματα θα εισβάλουν στο πανδοχείο ν’ αποκτήσουν τον πολύτιμο χάρτη, αλλά δεν θα προλάβουν γιατί αυτός ήδη βρίσκεται στα χέρια του Τζιμ και θα τον παραδώσει στον φίλο του δρ Λίβσι. Οι δυο τους θα σπεύσουν στον άρχοντα Τρελόνι ο οποίος θα εξοπλίσει μια σκούνα για την αναζήτηση του θησαυρού, ενώ παράλληλα θα ψάξει για ικανό πλήρωμα ενάντια των πειρατών, που ήδη ξέρουν τα σχέδιά του. Στην προσπάθειά του αυτή και παρασυρόμενος από την αφέλεια που τον διακρίνει, θα πέσει στην παγίδα του πανούργου αρχιπειρατή Τζον Σίλβερ που θα προσληφθεί ως μάγειρας και θ’ αναλάβει την επιλογή του πληρώματος που δεν θα είναι άλλο παρά το αδίστακτο πειρατικό του σινάφι.